Navštěvoval dvě třídy gymnázia v Písku, poté se v letech 1898–1902 učil v Praze knihvazačem. V roce 1905 studoval na soukromé škole Aloise Kalvody a Rudolfa Béma, v roce 1907 v grafické škole Antonína Herverta. Váchalův otec Aleš–Lyžec (Váchalovu matku si nikdy nevzal) ho záhy uvedl do společnosti pražských spiritistů. Váchal se seancí účastnil také jako médium. Byl spoluzakladatelem uměleckého sdružení Sursum (1910–1912), jehož obou výstav se účastnil. Váchalova originální a svébytná fantaskní tvorba kořenila jednak v jeho intenzivním zájmu o okultismus a teozofii, byla přechodně poznamenána jeho příklonem ke katolicismu, zásadně ji však ovlivnil umělcův přirozený sklon k halucinačním vizím, jež ho postihovaly od dětství. V roce 1940 opustil Prahu a přestěhoval se natrvalo do Studeňan.